游戏构建的幻想三国世界并非单纯的光明史诗，其核心剧情涂山之乱便源于一场由神秘黑暗力量引发的灾难，这场侵袭导致生灵涂炭，和平被打破，构成了世界观的深层暗面。许多武将的过往也与这类黑暗隐秘紧密相连，例如君皓往事惹两难的相关表述，就暗示了角色个人历史中存在的两难抉择与复杂隐情。玩家在推进主线或探索武将往事时，将逐步揭开这些乱世背后的真相与各个英雄角色不为人知的故事。
这些黑暗真相的揭示往往与武将的深度养成和互动系统交织。玩家通过完成相关任务可以解锁武将的往事故事，深入了解他们的背景。在清河趣等剧情玩法中，玩家身为卷入乱世的英雄，与三国英豪并肩作战的过程，也是逐步揭开历史谜团与黑暗力量真相的冒险之旅。部分武将的出游剧情也设置了不同的选择分支，这些选择会影响剧情走向与结局，其中可能就涉及对角色过往阴暗面的触及或净化。
游戏透过对经典历史人物的重新塑造，为其赋予了不同于传统故事的独特定位，其中自然包含了一些更为复杂或灰暗的角色侧面。某些剧情描述了如黑龙大闹曹军心这样的具有冲突与破坏性的事件。开发者将历史文化元素与神话幻想色彩融合，在构建丰富世界观的同时，也埋下了许多需要玩家去探索和解读的暗线。
这些内容并非浮于表面，而是深度融入角色的背景设定、主线剧情的矛盾冲突以及玩家与之互动的情感选择之中，共同构成了一个有温度且层次丰富的幻想三国世界。
